Situada en el istmo de la Almina, en la antigua medina, en la calle Queipo de Llano, s/n. (entrada por la Gran Vía o por la calle Jáudenes).
Dentro del museo se encuentra una Basílica Tardorromana datada a finales del siglo IV d.C. o principios del siglo V d.C., declarada Bien de Interés Cultural en 1991, que es visitable.
El museo ofrece una exposición permanente de arqueología, con piezas arqueológicas obtenidas en excavaciones en la ciudad de Ceuta, de los Periodos Paleolitico y Neolitico, así como de las epocas romana, medieval, islámica e hispánica.
Entre sus fondos destacan un sarcofago romano de mármol, ánforas romanas, restos de la factoría de salazones romana, piezas labradas en mármol y madera de la Madrasa al-Yadida y un aljibe medieval.
El acceso es gratuito.
Maderas de cedro talladas de la Madrasa al-Yadida, Universidad árabe del siglo XIV